内设机构14个，分别为：

1.办公室：负责文电、机要、保密等工作；负责督查督办、政务公开、信用建设等工作；负责财务管理、资产管理、政府采购、财务审计等工作。

2.党群综合部：负责党的组织建设、党风廉政建设、宣传教育、思想工作、意识形态、精神文明建设、统战等党务工作；负责纪检、监察工作；负责工会、共青团、妇联等群团工作；负责文字综合、信息等工作。

3.人力资源部：负责机构编制、人事管理和离退休干部等工作；负责教育培训、信访、出国（境）管理等工作；负责绩效考评工作；承担档案学会工作。

4.安全保障部：负责安全生产、安全保卫等工作；负责车辆管理、节能等后勤保障工作；负责物业监管工作。

5.保管利用部：负责制定档案馆库房安全管理、档案查阅利用服务等各项规章制度并组织实施；负责馆藏各类档案、资料的保管工作，确保档案、资料实体安全；负责书画库的管理；负责馆藏档案、资料的查阅利用服务工作；负责全市政府公开信息的接收、整理、查阅服务工作。

6.开放鉴定部：负责依法开展馆藏档案开放审核工作并向社会公布；组织实施馆藏涉密档案解密降密工作。

7.接收征集部：负责制定本馆收集档案范围细则和工作方案；负责制定接收、征集档案工作计划并组织实施；负责市级立档单位进馆档案的质量检查、接收和移交工作；负责散存在国内外具有重要价值档案资料的征集、整理等工作；负责全市重大活动和突发事件档案的接收、征集以及音像档案的采集、收集、整理和移交工作；负责本馆重要活动的音像档案采集、整理和归档工作。

8.电子档案部：负责制定本馆馆藏档案数字化工作计划并组织实施；负责制定馆藏档案数字化管理制度及规范；负责馆藏档案数字化前处理工作；负责馆藏各类档案的数字化加工及监管工作；负责数字化数据成果的质检、管理、备份、统计、迁移及数据安全工作；负责数字化软硬环境建设、安全管理及维护工作；负责国家重点档案保护与开发任务申报及组织实施工作。

9.技术保护部：负责制定本馆档案保护技术规范和标准并组织实施；负责数字档案馆建设；负责电子档案的接收工作；负责电子档案数据管理、备份、安全工作；负责对馆藏档案与接收进馆档案消毒工作；负责馆藏破损档案的抢救、修复及档案的保护工作；负责计算机网络、系统及软硬件设备的日常管理工作。

10.编研部：负责馆藏档案信息资源的开发工作；负责编纂、出版档案、资料研究成果；负责档案编修工作；负责照片、录音、录像等档案资源的开发利用工作；负责档案文化产品的开发工作；负责档案资政等工作。

11.展览展示部：负责制定本馆社会教育工作计划并组织实施；负责馆藏档案展览制作与维护工作；围绕全市中心工作和社会重点、热点等举办专题展览展示；负责展厅参观接待及管理工作；负责声像档案演示厅、教育基地的管理工作；负责档案网站、微信公众号等媒体建设与管理工作；负责对社会公益讲座的组织与实施。

12.文史业务部：负责对文史馆员、研究员开展选聘工作；组织开展文史研究、著书立说、文化交流、资料编辑工作；组织开展沈阳地域历史文化和中华优秀传统文化的研究传承传播工作；组织开展走访慰问，开展采风、笔会等艺术创作活动；组织开展馆际交流和对外文化艺术交流活动；负责《沈阳文史》的编辑工作。

13.方志编纂部：负责拟定全市地方志工作规划及编纂方案；制定全市地方志编纂规范和验收标准；负责组织市本级地方志书编纂；负责对各区县（市）地方志书进行审核；指导各区县（市）、相关单位地方志工作；负责组织编纂《沈阳年鉴》；负责组织开展地方志理论研究。

14.方志信息部：负责组织开发利用地方志资源；负责征集、整理、编纂、保存地方志文献资料和地情信息；负责旧志的搜集、整理、编纂工作；负责《沈阳大事记》和市本级地情类书籍的编纂工作；搜集全国地方志工作信息及前沿理论研究成果，开展信息交流工作；组织开展地方志信息化建设和咨询服务。